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鹽城市第三人民醫(yī)院兒科創(chuàng)建于1981年，至今已有44年歷史，兒科為鹽城市臨床重點專科，兒科學為鹽城市重點學科。是鹽城市醫(yī)學會兒科分會主任委員單位。是鹽城市地區(qū)實力較強的兒科診療中心，多年來注重兒科臨床、教學、科研協(xié)同發(fā)展，為南通大學碩士學位培養(yǎng)基地，同時也是國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地。

多年來，三院兒科注重各亞專業(yè)的建設與發(fā)展。先后成立了兒童保健、高危新生兒隨訪、生長發(fā)育、慢性咳嗽、遺尿、多動癥、哮喘（變態(tài)反應）、消化、癲癇等專科專病門診。小兒呼吸獨立開展小兒纖維支氣管鏡、兒童肺功能、過敏原皮膚點刺試驗、兒童呼吸睡眠監(jiān)測等技術(shù)；小兒消化常規(guī)開展小兒消化內(nèi)鏡技術(shù)；小兒內(nèi)分泌常規(guī)開展生長激素、性激素激發(fā)試驗以及矮小癥的生長激素規(guī)范治療等；小兒神經(jīng)開展兒童視頻腦電圖及兒童癲癇的治療與隨訪；新生兒科常規(guī)開展新生兒換血、PICC置管、臍靜脈置管、高頻機械通氣等技術(shù)。  

小兒血液、呼吸是蘇州大學附屬兒童醫(yī)院?？坡?lián)盟單位，分別建有蘇州大學附屬兒童醫(yī)院胡紹燕、王宇清團隊名醫(yī)工作室。

兒科共開放床位58張，其中普兒科42張，新生兒16張，有門診、急診、普兒科病區(qū)、新生兒病區(qū)。?？崎T急診近10萬人次/年，年出院患兒3000余人次。

2020年以來兒科承擔江蘇省衛(wèi)健委及鹽城市科技局課題3項，獲得江蘇省衛(wèi)健委醫(yī)學引進獎及鹽城市醫(yī)學引進獎共6項，發(fā)表SCI及核心期刊論文20余篇。